Den Ofen auf 200 °C (Ober-/Unterhitze) vorheizen.
Den Spaghetti-Kürbis längs halbieren und die Kerne entfernen. Mit 1 EL Olivenöl einreiben und mit der Schnittfläche nach unten auf ein Backblech legen. Im Ofen ca. 30-40 Minuten backen, bis das Fruchtfleisch weich ist.
In der Zwischenzeit die Zwiebel und den Knoblauch in einer Pfanne mit 1 EL Olivenöl bei mittlerer Hitze anbraten, bis sie weich sind.
In einer Schüssel die Sahne, Eier, Salz, Pfeffer und Muskatnuss gut vermischen. Dann die angebratenen Zwiebeln und Knoblauch hinzufügen.
Den gebackenen Kürbis aus dem Ofen nehmen, etwas abkühlen lassen und das Fruchtfleisch mit einer Gabel herauskratzen. In eine große Schüssel geben.
Die Sahne-Ei-Mischung und 150 g geriebenen Käse zum Kürbisfleisch hinzufügen und gut vermengen.
Die Mischung in eine Auflaufform geben und mit dem restlichen Käse bestreuen.
Den Auflauf für weitere 20-25 Minuten im Ofen backen, bis der Käse goldbraun und blubbernd ist.
Vor dem Servieren mit frischer Petersilie garnieren.